清代新疆分为天山北路的准部和天山南路的回部，统属於伊犁将军。其中的蒙古游牧地区实行盟旗制。维吾尔、布鲁特、塔吉克等族地区则实行伯克制。蒙古旧土尔扈特部与中路和硕特部设立旗、盟：旧土尔扈特部为南北东西四路乌讷恩素珠克图盟，和硕特部为巴图塞特奇勒图盟。

凖部地方设乌鲁木齐都统，统辖乌鲁木齐（迪化州）、库尔喀喇乌蘇、吐鲁番、哈密、古城、巴里坤（镇西府）等城。其中迪化州、镇西府由新疆与甘肃省双重管辖。塔尔巴哈台由塔尔巴哈台参赞大臣管辖。伊犁及其以西地方由伊犁参赞大臣、领队大臣管理。

回部设总理回疆事务大臣（喀什噶尔参赞大臣），统辖喀什噶尔、叶尔羌、和阗、阿克蘇、乌什、库车、喀喇沙尔等城。1884年（光绪十年），新疆建省，实行与内地相同的府、厅、州、县体制。

回疆（汉语拼音：huíjiāng）清代对新疆天山南路的通称。该地为维吾尔族、乌孜别克族所聚居，清朝对该地信仰伊斯兰教的少数民族多称为缠回，故名。亦称“回部”。

具体范围界定为，天山以南，昆仑山以北，东界为玉门关、阳关，西界在帕米尔高原，即今新疆南疆及东疆吐鲁番、哈密两地。中间有库鲁克塔格山相隔，形成两个相对独立的区域，其西部为塔里木盆地，东部为吐鲁番盆地。

回部与天山北路的准部相对，并称“南回北准”。光绪年间新疆建省，回部成为新疆省的一部份。

清朝在回疆的管理体制不一。

在塔里木盆地，清朝设立“总理各回城事务参赞大臣”（亦称喀什噶尔参赞大臣），管辖回部喀什噶尔（今喀什）、英吉沙尔、叶尔羌（今莎车）、和阗（今和田）、乌什、阿克苏、库车、喀喇沙尔（今焉耆）等城办事、领队大臣及其军政事务，同时参照内地官制改造回疆旧有的伯克制度，任命维吾尔上层为各级伯克，管理各城、村事务。

东部吐鲁番、哈密两地，清朝实行军、民两套体制并行的政策，军政方面设立吐鲁番领队大臣、哈密办事大臣，受制于乌鲁木齐都统；民政方面，设吐鲁番直隶厅，隶属迪化直隶州，哈密设理事粮厅，属镇西府，迪化州、镇西府组成镇迪道而隶属于甘肃省。

吐、哈两地维吾尔上层因归属清朝较早，且参加平定回疆叛乱有功而被授予王、贝勒、贝子、公、台吉等爵位，实行札萨克制度，拥有世袭领地，但受本城大臣监督。

驻防的八旗兵丁在各城附近修筑规模略小的要塞，称为“满城”或“汉城”，供满、蒙、汉人官员及旗人居住，并驻扎军队。原有的旧城则称为“回城”，由伯克按照伊斯兰教法管理。

伯克制是新疆维吾尔族地区历史上以“伯克”统领地方事务，具有封建领主制性质的统治制度。“伯克”为突厥语音译，意为“”、“王”、“头目”、“统治者”、“官吏”，后成为对新疆维吾尔族地方官吏或头人的称号。伯克原为世袭官职，一直延袭至和卓统治南疆时期。乾隆二十四年(1759年)，清朝平定和卓叛乱，统一新疆，任命维吾尔族原来官吏为各种伯克，管理各城事务。